Wednesday, 4 April 2007

Compiling castep 4.0.1 on mott2

The compilation can be implemented with the following steps.

1. chmod +x ./bin/arch

2. edit Makefile

COMMS_ARCH :=mpi

FFT :=fftw3

MATHLIBS :=acml

3. mathlibdir

/home/mingjun/acml/pgi64/lib

4. fftlibdir

/home/mingjun/lib

5. make

Wednesday, 28 March 2007

AMBER on clustervison

This is a brief introduction on AMBER for clustervision users (clustervision1.shef.ac.uk).

1. set up amber on clustervision

In your home directory, put the following lines into .bashrc file

export AMBERHOME=/usr/local/bin/amber

export PATH=$PATH:$AMBERHOME/exe

2. run amber (serial and parallel)

One will need at least three files for running a simulation with AMBER:

  1. coordinate file, which contains the Cartesian coordinates of all atoms

  2. topology file, which specifies the connection among the atoms and details of the interaction terms

  3. parameter file, which tells how to run the simulation

For instance, to run a md simulation of ethane, the details of the three files can be found:

  1. ethane.inpcrd: http://docs.google.com/Doc?id=dfvdq4zs_104gqz2np
  2. ethane.prmtop: http://docs.google.com/Doc?id=dfvdq4zs_105c99fcx
  3. ethane.mdin: http://docs.google.com/Doc?id=dfvdq4zs_106c2nmkt

There are two scripts used to run serial and parallel amber jobs on clustervision, respectively.

  1. serial: (serial.sh): http://docs.google.com/Doc?id=dfvdq4zs_108drh4qw
  2. parallel: (parallel.sh): http://docs.google.com/Doc?id=dfvdq4zs_109zzsd5s

submit to clustervision1 by command:

qsub serial.sh or qsub parallel.sh

3. make input file (with leap)

xleap -s -f leaprc.glycam04

model=sequence {OME 4MA 4MA 0MA}

charge model

saveamberparm model admanp3.top admanp3.crd

savePDB model admanp3.pdb

model2=copy model

loadoff solvents.lib

solvatebox model TIP3PBOX 10.0

saveamberparm model admanp3water.top admanp3water.crd

savePDB model admanp3water.pdb

quit

4. work with dlpoly

antechamber -i cn.pdb -fi pdb -o cn.mol2 -fo mol2 -c bcc

parmchk -i cn.mol2 -f mol2 -o frcmod

with tleap (or xleap) program:

tleap -s -f leaprc.gaff

mods=loadamberparams frcmod

model=loadmol2 cn.mol2

saveamberparm model cn.top cn.crd

quit

after that, run

amb2dl.pl cn

you will get the CONFIG and FIELD files (cn.cfg and cn.fld) for DLPOLY.

Want more?

http://amber.scripps.edu/tutorials/

http://amber.scripps.edu/doc9/amber9.pdf

Monday, 19 March 2007

how to run parallel dlpoly job on clustervision

#!/bin/bash
#$ -cwd
#$ -v MPI_HOME
#$ -N jobname
#$ -pe mpich_mx 4
export MYAPP=/usr/local/bin/DLPOLY.X
export MPICH_PROCESS_GROUP=no
. /etc/profile.d/modules.sh
module add mx pgi mpich/mx/pgi
/usr/local/Cluster-Apps/mpich/mx/pgi/64/1.2.6..0.94/bin/mpirun -np $NSLOTS -machinefile $TMPDIR/machines $MYAPP

Tuesday, 13 March 2007

amber v8 compile on mott2:

1. download files from http://www.pgroup.com/resources/amber/amber8_pgi60.htm

2. run: ./configure -mpich -opteron -acml -lapack pgf90

make -e YACC="/usr/bin/bison -y" X11LIBDIR="lib64" parallel

for amber v9 on cluster and mott2

Whenever you see this type of message:

/usr/bin/ld: skipping incompatible
/home/ytang/gdata/whli/openmpi/lib/libmpi_f90.a when searching for -lmpi_f90
/usr/bin/ld: cannot find -lmpi_f90

It means that the type of executable you are building (32 bit vs 64 bit)
does not match with the way the library you are linking against was built. I
suspect that you build openmpi using pgf90 running in 64 bit mode. However,
at the time of Amber9's release the latest pgf90 version was pgf90 6.1-3
64-bit target on x86-64 Linux - this has numerous bugs in the 64 bit
implementation and as a result the amber executables fail a large number of
the test cases. We managed to work around this problem by forcing 32 bit
compilation with the Portland group compilers on x86_64 architectures. This
means that you need to build MPI in 32 bit as well (-tpp7). However, my
advice to you on Opteron is, suprisingly enough, to download the Intel
compilers (the em64t ones) and use these. These will build amber and pmemd
fine in 64 bit mode and will probably run faster (Get version 9.0.033 from
premier.intel.com after you setup an account).

For pmemd the problem is that the configure script is looking for mpich and
not openmpi - the installations have very different library names. I don't
think there is a configure option available for openmpi - perhaps Bob Duke
can comment further. For the moment I would edit the config.h and replace
the MPI_LIBS line with:

-L$(MPI_LIBDIR) -lmpi_f90 -lmpi -lorte -lopal -lutil -lnsl -lpthread -ldl
-Wl,--export-dynamic -lm -lutil -lnsl -lpthread -ldl

This should probably work. Note, pmemd 'does' work with the Portland group
compiler in 64 bit mode, although I have not rigorously tested it to be sure
of this. This means that if you want to build both Sander and PMEMD with the
Portland group compilers you will need to either build both a 32 bit and a
64 bit version of openmpi or edit pmemd's config.h and add -tp p7 to the
F90_OPT_* lines to force 32 bit compilation.

Note if you have a different Portland group compiler to 6.1-3 you could
always try compiling sander in 64 bit mode - just edit the
$AMBERHOME/src/config.h file and just delete the -tp p7 and change all
occurances of -m32 to -m64. Just make sure you run ALL of the test cases and
carefully check the output.

Wednesday, 28 February 2007

amber on clustervision1

The amber 9.0 has been compiled on clustervision1 using Intel Fortran compiler and mpich2. It is located at /usr/local/bin/amber.
How to use?
First you need to set the environment variable AMBERHOME to /usr/local/bin/amber either by putting the following line in your .bashrc.
"export AMBERHOME=/usr/local/bin/amber"
or simply run this command for one-time use.
One simple Perl script for running parallel sander have been attached.

#!/usr/bin/perl
system("perl /usr/local/Cluster-Apps/environment-modules-3.1.6/init/perl");
system("export MPICH_PROCESS_GROUP=no");
$name="adxylp20";
$MYAPP="$AMBERHOME/exe/sander.MPI";
#$ -cwd
#$ -N adxylp202
#$ -v MPICH_HOME
#$ -pe mpich_mx 2
system("$ENV{MPICH_HOME}/bin/mpirun -np $ENV{NSLOTS} -machinefile $ENV{TMPDIR}/machines ${MYAPP} -O -i
${name}min.in -o ${name}min.out -c ${name}.crd -p ${name}.top -r ${name}min.rst -x ${name}min.mdcrd
-inf ${name}min.mdinf");

Thursday, 15 February 2007

解开心理链条上的死结:民众何以追随希特勒(ZZ)

1945年,战后的世界开始收归于雅尔塔体系之下。从墨索里尼的率党徒进军罗马、希特勒的竞选夺权,直到雅尔塔会议、纽伦堡审判,一切似乎仅仅是个政 治过程。对纳粹崛起政治上的解释也颇为有力:1929年至1933年的经济危机让垄断资产阶级倾向于建立一个独裁强权政府来巩固自己的地位,具有军国主义 传统的容克地主阶级与垄断资产阶级支撑起了法西斯联合专政。这显然比把法西斯灾难归咎于希特勒的阴谋和胁迫要深刻得多。
然 而,虽然已经有了这样体面的解释,不少人还是禁不住要责难德国民众,说他们的理性太脆弱,容易被煽动,缺乏民主素养。诚然,历史上的专制从来就是多数人制 造的专制----人们内心的狭隘、偏见、狂躁和傲慢都是极权主义的直接帮凶,而权力顶峰上的元首仅仅是迎合了多数人的“理想”,便能将民众的渴望酿成集体 的狂热,最终使散布于民间的理想力量被完全搜刮出来,凝结成“元首”个人强大的权力意志。但是,如果我们一味沉浸在这种对“极权帮凶”的控诉中,而不在更 大的历史背景里去理解他们,那恐怕也不是坦诚的态度。

法 西斯和历史上其他曾有过的专制相比显得有些特殊。不论是中世纪的罗马教权,还是二十世纪上半叶的斯大林极权,都冠着一个让权力在最初得到广泛支持的至善的 梦想。基督的博爱,或是建设赤色的乌托邦,原始目的都是全民最终的幸福。然而希特勒从一开始就强调征服的野心,以仇恨而不是以博爱为目标。纳粹的信条(如 种族优劣)几乎全是邪恶的,毫无中世纪神学或者斯大林主义那般伟岸的理论体系,它的“崇高”也表现为践踏和侵占。就是这样一个歇斯底里的怪物,为何能得到 几乎是真诚的狂热支持?在文明世界里,狰狞的帝国幻象又怎能如此激烈膨胀?
在反思中,某些西方人试图在政治经济分析和对德国民众的批评之外,找到另一条途径,即通过社会环境变革对大众心理的影响,来寻找法西斯的真正来源----每 个被裹挟进入现代的心灵,都在惶恐中经历震荡,社会心理的链条越勒越紧,终于勒成了法西斯这一现代大死结。二战可以用强力斩断它,而反思者正试图摸索出这 个死结的链路。
面对德国的突然失控,身在美国的 精神分析师埃里希•弗洛姆敏锐地察觉到,在这民众情绪爆发的背后,一定存在着某种普遍的心理机制,让人们心甘情愿地投入强权的怀抱。弗洛姆在1933年获 得柏林心理学院的学位不久,就逃离纳粹德国移居美国。作为新弗洛伊德主义的代表人物,他坚持精神分析不仅能用于治疗精神疾病,而且应该参与社会的健全。在 理论上,他试图克服弗洛伊德的片面性。后者强调历史是人心理力量的结果,却看低了环境对心理的影响。弗罗姆看重社会环境对心理的反作用,所以他称自己的心 理学是一种“动态”的心理学。1941年,弗罗姆对法西斯主义的反思成果《对自由的恐惧》在纽约出版,立刻引起了轰动。该书的观点是,现代人对自由的心理 逃避机制,正是法西斯的群众心理基础。
为了得到 较普遍的结论,弗洛姆在本书中首先考察了儿童的成长过程中的自由观。在婴儿时期,孩子在心理和生理上都紧紧地与这个世界(其中母亲是“世界”最重要的代 表)相联系(喂养、抚触、携领等),这种联系给孩子以安全。这时他虽然没有自由,但拥有归属感和附着感。随着孩子在身体和精神上逐步壮大,他越发渴望自由 和独立,由个体意志和理性所引导的有组织的心理结构开始形成。
但 在这个过程中,始终伴随着个体化过程的是孤独感的不断增加。儿童成长为独立个体后,慢慢意识到自己与他人、世界的分离。他不断增长着自我力量,但同时也越 来越意识到自己与世界相比的绝对渺小。这时,他发现世界显得那么富有敌意,他也开始感到软弱和焦虑,身处危境却无法抗拒。一种可能的结局是,个体就此开始 产生放弃个性的冲动,试图通过把自己完全溶于外部世界来克服分离产生的孤独和软弱。
在 从中世纪到现代的自由进程中,西方恰好经历了与上述相似的心理过程。在中世纪,每个人都被终生固定在一个位置上,个人几乎不可能改变自己的阶级、职业甚至 居住地。所有人都植根于一个结构稳定的整体里,并能从中得到归属感。很少有人会追问生活的意义,因为基督已经囊括了一切意义。个人主义只在日常生活中零星 体现。教会的权威使人紧紧相连,但也是一种压迫性的束缚。然而,个人情趣的萌动和有产阶级的野心最终打破了这些束缚人的联系。起于南欧的文艺复兴加速了资 本主义的进程。摆脱权威支配的个人在追求财富和权力中增加了力量感,同时丧失了安全和归属感。工匠、大商人、小商贩都卷入经济利益的竞争中,商业充满了风 险和欺诈。贫富差距每天都在扩大。人们开始孤独、疑虑、猜忌,在充满敌意的世界里孤立无援。
这 种由自由产生的孤独感在现代社会达到了高峰。孤独的个体由于强烈的不安,纷纷启动心理逃避机制。人们渴望放弃个性,放弃自由,放弃自己的完整,试图以此弥 补自己与世界的裂缝,与世界重新结合。他们现在迫切地需要投身于权威,好让自己与强权相连,赢得安全感。他们想用失去的自由换来恐慌和焦虑的缓解,而且甘 愿忍受由此带来的被动的生活。正是这千千万万民众对自由的逃避,成了法西斯权力的来源。

在书中弗罗姆列举了三种逃避自由的心理机制:
一、 投入权威主义的怀抱。这种心理机制让人“放弃自身的独立,希望把自己与某个人或某种外物结合以获取自己所缺乏的力量”。怀有这种心理的人分为两类:受虐狂 和施虐狂。前者屈从于他人或者组织,感受外力安排;后者尽力控制他人,因为“他们的力量就植根于支配他人的事实中”。虽然两者看似完全对立,但事实上他们 的目的是一致的----逃避不堪忍受的孤独和无力感。这种为了克服疑虑而对权威的信仰,是法西斯主义权力凝结的动力。
二、堕入破坏的泥潭。与施虐—受虐的消极共生模式不同,破坏行为的目的是直接消灭对象,虽然它同样源于个人无法忍受的无力和孤独感。施虐者通过统治别人来获得权力感;受虐者通过放弃个人意志把自己溶于外在的权力中获得归属感;而破坏者通过直接消灭外在威胁来增强权力感。
三、 不自觉的自动适应。有这种心理机制的人占了大多数。这类人“完全承袭文化模式所赋予它的人格”,别人是什么或者别人期望他成为什么,他便成为什么;别人信 奉什么或者别人热情地鼓吹着什么,他便愿意相信什么。而在另一方面,社会文化观念也总是鼓励人成为这一类,它像催眠一般一刻不停地暗示着“应该”做什么、 想什么,直到个体不得不认可社会对他的要求,并慢慢地乐于接受这些外在的观念,最后觉得自己本来就是这么想的。人们对“规范”的真诚屈从已经达到了令人震 惊的程度。
在纳粹的崛起中,我们可以清晰地看到 这三种心理机制产生的毁灭性的作用:权威主义直接构成了纳粹的权力系统(纳粹党中许多人既充当受虐狂,又充当施虐狂,他们绝对服从上级的摆布,又通过欺压 下级来补偿他们的尊严);破坏倾向酿成了党徒的暴力、劫掠、焚烧,酿成了对内的清洗和对外的屠杀;而绝大多数人作了自动适应,未作抵抗就默认了统治。
纳 粹在膨胀中受到的最热烈的支持来自下层中产阶级,可以说这一阶级的恐慌和无助感最为强烈。一战后,德国下层中产阶级在政治上失去了君主制度的庇护,丧失了 贵族性,而其经济地位也不断下降,社会声望岌岌可危。“下层中产阶级在经济和心理上都很匮乏”。凡尔赛和约的严厉限制、工人运动的此起彼伏、通货膨胀的愈 演愈烈,让老一辈的下层中产阶级有了某种衰落感,而其年轻一代时时面临着失业。此时,作为下层中产阶级的典型代表希特勒,一个没有机会、没有前途的失败的 画家,正在努力地为自己建立某种与神秘而强大的外物的“联系”----“对希特勒来说,大德意志帝国是社会声望与安全的象征”。
如果希特勒真的与众不同,那他的疯狂只会毁了他自己。但他事实上是受压抑的现代人的代表,他能完美地触动现代人的逃避机制,如共振一般产生巨大的破坏力。
在《我的奋斗》中,希特勒为权威主义大唱赞歌:
群 众爱戴的是统治者,而不是恳求者,他们更容易被一种不宽容对手的学说折服,而不大容易满意慷慨大方的高贵自由,他们对这一种高贵自由能做什么感到茫然不 解,甚至很容易为此感到被遗弃了。他们既没有意识到对他们施以精神恐吓的冒失无礼,也没有意识到他们的人身自由已被粗暴剥夺,因为他们绝不会弄清这个学说 的真实意义。
这些语句绝妙地说明了纳粹的性质:受虐狂和施虐狂在强力折磨中感受力量和荣耀,以共生的方式克服个人的孤独。
希特勒对破坏也情有独钟:
……和平,这种和平的基础不是眼泪汪汪的和平主义职业妇女哀悼者的棕榈枝,而是统治民族的胜利之剑,它把世界变成一个更高级文化的附属物。
再看希特勒对自动适应的欣赏----希特勒主张完全牺牲个人,放弃坚持个人意见和个人幸福。而教育的目标是教导学生不要坚持自己的利益,学会忍受不公正的待遇。每个人都应该平静地放弃权利,保持沉默。他给出的理由是:人们应该关心振奋人类本身,从而“愉快地牺牲自己”。
在这些信条的教诲下,民众无路可逃,要么参与到权力之中,要么成为第三帝国的绵羊。
弗 洛姆正满怀同情地望着大西洋彼岸的灾难,但他在这本书中表示他对此岸的民主社会也不敢放心。在民主社会中,随处可见职业性的礼仪和微笑,虚伪的礼貌成了社 会公约。受到“友好”、“不挑剔”、“受人欢迎”、“面带微笑”的教诲,孩子从小的感受受到了歪曲。人们争相做“正常人”,尽管内心承受着无意义感的煎 熬。人的这种对自发行为的信心的丧失,也是权威主义的温床。一旦有某种意识形态或某个领袖能带给人兴奋和激动,并许诺建立某种富有意义的秩序,人们便可能 不顾一切地投入极权的怀抱。
而弗洛姆相信一定有 着一种积极的自由状态存在。在积极自由中,人格进行着“总体的、完整的”自发活动,每个人都能够发挥潜能,得到自我实现。自发性活动不再受到挫伤,社会中 的多疑和敌意便自然而然地消除了,于是独立不再意味着孤独和恐惧,个人与世界的联结不再需要牺牲自我的完整:
他发觉自己是个活跃的、富有创造的个体,同时也明白了:生命仅有一个意义,那就是生命本身的活动。
如此,逃避自由的心理流程就被截断。当每颗心都跳出“原始束缚----个体自由----孤独恐慌----寻求权威----新的束缚”的无奈循环后,法西斯这一现代社会的恶性肿瘤,就再也找不到它植根的机体了。
《对自由的恐惧》中有言:“从心理上看,对权力的贪婪不是起源于力量,而是根植于虚弱。”在法西斯时代里,极权惩罚了不敢真实面对自己内心从而投入狂热的人;而那些通过攫取权力来掩饰虚弱的人,也从未在极权中真正获得任何心灵力量的增长,他们的恐慌从来没有中断过。
六 十年前纳粹导演的这场历史“正剧”,近看是少数权贵的喜剧,远看是多数民众的悲剧,再远看是所有卷入其中的人的闹剧。身处上世纪四十年代的反思者,已经能 努力达到“远看”和“再远看”的境地,通览那死结的全貌。而对于世界,完全解开这个死结却是一个折磨人的过程----《对自由的恐惧》的结尾写道:
唯有当民主能灌输给人的精神一种对生命、真理以及作为个人的积极的与自发的自我实现的自由的无比强烈的信心时,民主才能战胜各种各样的虚无主义势力。

Monday, 29 January 2007

星期六文冬生张婷 House-warming

上个星期六(1月26日)到文东生张婷家,祝贺他们乔迁新居. 在那里的还有建筑系的一个中国老师康剑夫妇和他们小孩,康剑的大儿子已经14岁多了,第二个孩子刚刚13个月,他的大儿子出生的时候8斤,第二个出生的时候居然有10斤1两! 上次一起帮文东生他们搬家的张鹏和他老婆孩子也来了,他们的孩子六个月的样子,是个女儿,不太吵闹,和他老婆交流了一个带小孩的经验. 王京京一家也来了,彭勇比较晚才到,最后郑磊也来了,他是全英学联的主席,上次听席磊说过,人还不错,现在在biomedical 做博士后.